夜は木更津で夜9時まで飲み会．その後知り合いの家へ移動．
]]>9:30〜10:30 セッション4．(1)開発中のKazusaAPIの現状 CyanoBase on rails．(2)KEGG API / KEGG on rails について()．
10:45〜11:50 セッション5．(1) DDBJのWeb serviceについて．(http://www.xml.nig.ac.jp/index_jp.html)Webサービス一覧表は今年公開予定．(2) GPAC(アノテーションの精度付け)，Restauro-G(再アノテーションシステム)，GEM system (シミュレーションモデルの自動生成ツール)について，ISM database (モデルのデータベース)，MEGU(パスウェイのビジュアライゼーション) : http://megu.iab.keio.ac.jp/)
13:00〜14:30 セッション6．(1) 今後のAPIとか統合DBとかのありかたについて．(2)4省統合データベースについて，(3)ゲノムアノテーション実用例
14:45〜15:44 セッション7．(1)文献検索の概要とか，Textlens (文献検索システム)とか．(2)PosMed (キーワード→文献→遺伝子の検索システム: http://omicspace.riken.jp/PosMed/)の話．
終了．次回第２回は4月ごろ東大のどこかで予定．
]]>どうも昨日食べすぎて，腹がへっていなかったので朝食をパスして9時起床．準備して会場へ．
]]>いつものとおりWindows の軽量化(=省電力化)をやってみた．今回は Windows 7編
(軽量化)
* Windowsメニュー中の「コンピューター」を右クリックして「プロパティ」を選択．そこから「システムの詳細設定」をクリック．システムのプロパティが開くので，「パフォーマンス」の「設定」をクリック．パフォーマスンスオプションが開くので，「パフォーマンスを優先する」を選択して「OK」クリック．
* デスクトップで右クリックして「個人設定」を選択．そこから「Windows クラシック」を選択．
* そこから，「スクリーンセーバー」をクリックして「ブランク」「5分」で設定．さらに，「電源設定の変更」をクリックして「省電力」をクリック．（サーバー的用途なので，スリープは「なし」で設定）
* 「個人設定」に戻り，「ウィンドウの色」をクリック．色1と色2が異なるものをすべて同じにする．(フォントもTerminalに変えたかったんだけど，フォントサイズが入力できないので断念．．．）
* 「個人設定」に戻り，「サウンド」をクリック．「Windowsの〜」のサウンドをすべて「(なし)」に変更．
(見ため改善)
* タスクバーで右クリックして「プロパティ」を選択．「タスクバー」タブのところで「小さいアイコンを使う」を選択して適用．次に「[スタート]メニュー」タブのところで「カスタマイズ」をクリックし，「[ファイル名を指定して実行]コマンド」を選択．「大きいアイコンを使用する」を解除．「ミュージック」と「ピクチャ」「ドキュメント」を「この項目を表示しない」に変更．「コンピュータ」「コントロールパネル」を「メニューとして表示する」に変更．
* デスクトップで右クリックして「表示」から「小アイコン」を選択．
* デスクトップで右クリックして「個人設定」を選択．「デスクトップアイコンの変更」をクリックして，「コンピュータ」「ユーザのファイル」を選択して「適用」
* コントロールパネルから「フォルダーオプション」を選択．「タイトルバーにファイルのパス名を表示」「隠しファイル，隠しフォルダー．．．」「常にメニューを表示する」を選択．「登録されている拡張子は表示しない」「保護されたオペレーティングシステムファイルを表示しない」を解除．次にいずれかのフォルダでメニューの「整理」の「レイアウト」から「詳細ウィンドウ」と「ナビゲーションウィンドウ」を選択して表示されないようにする．
]]>その後 makecdfenv パッケージのコードを眺めてみた結果，bioconductor を使うとなぜ feature 数が少なくなるのかが分かった気がする．簡単にいうと，Mouse Gene Array では Mouse Genome 430 2.0アレイと異なり，1つのprobeが複数の probeset に対応している場合があるのだけど(Mouse Genome 430 2.0 では必ず1つの probeset に対応)，makecdfenv がそれに対応していないため，同じ probe を share している probeset のどちらかが落ちるのが原因っぽい．
ということで，結論「Mouse Gene Arrayの解析に Bioconductor の affy パッケージは使うと危険」（注：xpsパッケージとか，aroma.affymetrix パッケージとか使えば大丈夫かもしれないけど）(詳細はこの辺にも出てますね．)
]]>Affymetrix の Mouse Gene Array の解析をすることになったのだけど，Expression console で計算した発現量と，Bioconductor の rma() で計算した発現量のテーブルで列数(probeset数，Feature数)が違っていたので何だろうと思って調べた結果をまとめました．
まず，個数については，こんな感じ，
ちなみに Affymetrix が配っている(いた)library file は3バージョンあるようでした (r3, 2009年1月23日版のr4，2009年6月8日版(=最新版)のr4)．おのおのの違いはREADMEファイルによるとこんな感じ
*** Revision Date 20090123: *** Retired r3 analysis library files (which were set up with gene-level probe sets, for gene-level analysis only) and released r4 files that group probe sets by individual exons, provide gene level meta probe set files (.mps) to allow exon-level analysis. *** Revision Date 20090608: *** Revised r4 package to remove a single non-end-user probeset that was causing an error in APT when using the option "-a dabg". This replaces the r4 analysis package that was originally posted Jan 23 2009. The previous version contained the probe set: 10338063 ( egrep 10338063 Mo* MoGene-1_0-st-v1.r4.all.ps:10338063 control->affx MoGene-1_0-st-v1.r4.mps:10338063 10338063 MoGene-1_0-st-v1.r4.pgf:10338063 control->affx ) This removed probe set is a non-end-user control probe set that has some probes in it that have GC count of 1 or 2. However, there are no antigenomic probeset bins with GC count 1 or 2 on the array. Consequently, APT exited and generated an error message when the "-a dabg" option was used (APT verifies that the correct GC-count bin exists before proceeding). At this time, the error is not manifest in Expression Console because EC uses an older version that does not verify GC-bin existence.
そういえばNCBI GEO のエントリに [MoGene-1_0-st] Affymetrix Mouse Gene 1.0 ST Array [probe set (exon) version] なんてのがあったのですが，完全ではないにしろ exon level の解析っぽいことも Gene Array でできるということになるのでしょうか．
]]>間違って買ってしまったw，GW-USMicroN2W の Linux で使えるようにするための設定メモ．まずMomonga Linux7で差してみたが認識しないので，まずは，認識させるまで頑張る．
色々調べた結果，Linux kernel の中の staging driver (安定性が不明なドライバ群らしい?）と，realtek が配布しているドライバがあった．ただし，どちらも USB Device ID を追加しないと認識されないようなので，簡単そうな，realtek 配布ドライバを試す．
できた 8712u.ko に対して，insmod 8712u.ko を実行してみたら無事認識できたようだ．(NetworkManager を入れていたので，勝手に認識されて，Upされて，IPアドレスが振られた)
make installしようとしたけど，エラーが出てうまくいかなったので，手動でインストール
これでUSB差したら自動認識できるようになったぽい．
]]>とりあえず各TV局の議席予測をメモりました．
| 民主 | 自民 | 公明 | 共産 | 社民 | 国民 | みんな | たち日 | 改革 | 他 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NHK | 44-51 | 46-52 | 8-10 | 2-4 | 1-2 | 0-1 | 8-11 | 0-1 | 0-1 | 0-1 |
| JNN(TBS/MBS) | 48 | 48 | 9 | 3 | 2 | 0 | 9 | 1 | 1 | 0 |
| ANN(EX/ABC) | 47 | 50 | 10 | 3 | 1 | 0 | 9 | 1 | 0 | 0 |
| FNN(CX/KTV) | 47 | 50 | 8 | 3 | 1 | 0 | 10 | 1 | 1 | 0 |
| NNN(NTV/YTV) | 48 | 49 | 8 | 3 | 2 | 0 | 10 | 0 | 0 | 1 |
| TX(TVK/TVO) | 46 | 50 | 9 | 3 | 1 | 0 | 11 | 1 | 0 | 0 |
| 最終結果 | 44 | 51 | 9 | 3 | 2 | 0 | 10 | 1 | 1 | 0 |
民主と自民の議席数がほとんど当たってないですね．(NHKは予測に幅を持たせているから範囲には入っているけど，それでもぎりぎり)．例年参議院は予測が当たりやすいのですが，今回は駄目ですね．
]]>最近Xでキー入力とかしているうちに，急にcontrolキーが押しっぱなしの状態になってしまう現象が頻発するようになった．理由が分からなかったんだけど，外のマシンから xev を立ちあげて見てみると，controlキーを押していないのに，stateの値が 0x4 になっていることに気付いた．どうやらXサーバのstateの値がおかしくなってしまっているようだ．で，どうにか state を 0 に戻らないかと調べてみたら，同様の症状をうったえているページがあり，ここのコメントに，Alt+Ctrl+F4を押してから，Alt+Ctrl+F7押したら直るみたいなことが書かれていたので試してみたところ，何回か切り替えたら確かに直った．でも根本的な解決法はよく分からない．．．
]]>メモとして．
(1)annotationパッケージをロードする（例: library(mouse4302.db) )
(2)annotationを抽出する (例：x<-unlist(as.list(mouse4302ENTREZID)) )
(3)ファイルに出力する (例：write.table(x,file="affy.txt",quote=FALSE,sep="\t",col.names=FALSE) )
]]>おっと正解はそうきたのか．．．かなり大きく外れているではないか．．．
まぁこれぐらい外れていると，ある意味すがすがしい（笑）
]]>こんな本が出るらしいです．買ってしまいそうだ．
]]>前回からおよそ2年半．ようやく待ちに待った安楽椅子探偵シリーズの最新作が放映されました．先週金曜日の出題編が放映され，10/8の3時に解答が締切られました．今回も解答を送りましたが，ネットを徘徊してみた結果，どうもハズレっぽいことが分かり，ガッカリしています．まぁはずれなので送った解答でもさらしてみたいと思います．ネタバレになるかもしれないのでご注意ください．